La corporación aportará, con sentido de pertenencia regional, su capacidad humana y técnica en la conservación y aprovechamiento sostenible de los recursos naturales de la Mojana y el San Jorge, mediante investigación científica y transferencia de tecnología, ejerciendo la autonomía dada por la ley 99 de 1993.

En el marco del desarrollo sostenible a través de la planificación e implementación de  políticas, programas y proyectos ambientales de manera integral, continua, coordinada y concertada con la sociedad civil y con instituciones locales, regionales y nacionales, cumplirá con el compromiso de administrar la oferta ambiental regional y elevar el nivel de vida de sus pobladores.

CORPOMOJANA, en el año 2023, se consolidará como autoridad ambiental y ente regulador que administre, investigue, vigile y controle los recursos naturales y los procesos productivos que involucra, mediante el cumplimiento de su misión y los objetivos institucionales, prestando un servicio caracterizado por la mejora continua y la calidad de sus procesos, la  participación  y concertación con las comunidades locales, la sociedad civil, los entes gubernamentales y no gubernamentales y el rescate del sentido de pertenencia institucional y regional.